Makovecz Imre első figyelemreméltó munkájának a paksi templomot tartja, amely karcsú, tűhegyes csúcsban végződő tetőzetével, ívelt kapubejáratával, egyéni stílusával országos hírnevet szerzett tervezőjének. Hasonlóan turistalátványosság és stílusának karakteres hordozója a néhány évvel előbb épült siófoki evangélikus templom is. Ennél is korábbi munkája a Farkasréti temető ravatalozójának belső tere. De az ő hírnevét öregbíti a Pázmány Péter Katolikus Egyetem piliscsabai épületegyüttese, a középkori hangulatot keltő Stephaneumon is. Jellegzetes stílusjegyeit hordozza újabb munkái közül a makói Hagymaház, a makói Hagymatikum Gyógyfürdő és az egri uszoda.

Építészként fő műve az 1992-es sevillai világkiállítás magyar pavilonja. Máig száznál több különböző funkciójú, jellegzetes stílusjegyeket hordozó épület jelzi munkásságának eredményét. A hagyományos alapanyagok, s főleg a fa felhasználásával készült épületeknek hagyományőrző hatása van, így a fát nem díszítőelemként, hanem szerkezetként használja. Szerinte az épületnek úgy kell kinéznie, mintha az alja a földből nőtt volna ki és a teteje pedig az égből ereszkedett volna alá. Építészete organikus, mivel szándéka az, hogy egylényegűvé váljon az épület a környezettel, szervesen illeszkedjen a tájba.