A gimnázium alapításának évét 1679-re tesszük, Illyés Bálint: A kunszentmiklósi gimnázium három évszázada (1679 – 1979) című iskolatörténeti munkája alapján. Az “ősmatricula” az 1735 előtti időből húsz rektor nevét sorolja föl, akik két-három évenként váltották egymást a tanításban. 1764-ben elkészült az első “Catalogus Librorum scholae reformatae Kunszentmiklósiensis”, amely egyben bizonyítja az iskola könyvtárának egykorú voltát is. 1766-tól vezették az iskola anyakönyvét, amelybe folyamatosan “subscribáltak” (nevüket és érkezésük dátumát, valamint lakóhelyüket beírták) a diákok, majd ebbe az anyakönyvbe kerültek az iskola latin nyelvű belső törvényei 1767-ben. Ezen intézkedések nyomán mehetett közvetlenül Debrecenbe – közbülső partikuláris iskolák (Nagykőrös, Kecskemét) látogatása nélkül – az, aki “ad proprios Lares redire noluit.” (Őseihez hazatérni nem akart). 1787-ben a fenntartó egyház és a város által ” egy több állandóságot ígérő tanszék szerveztetett professzori czimmel s a tisztességes megélhetésre nagyobb biztosítékot nyújtó javadalmazással”. Anyagiakban is szépen gyarapodott az iskola, fölépült a ma is álló ún. Öreggimnázium utcai szárnya (1798-99).
1803-ban új, magyar nyelvű törvény készült a “Nemes Kun Szent Miklósi Reformáta Fiúi Oskolában tanuló és tanító Deák Ifjak számára, a nemes külső és belső Elöljárók, szentül való megtartására”. A fenntartó 1814-ben iskoláját kiemelte az elemi és a magasabb oktatás közt ingadozó számos partikula közül. A professzori katedra mellé két korrektori állást szerveztek. Ezzel a gimnázium hivatalosan is bekerült az országos középiskolák jegyzékébe. Ekkortól rendelkezett az iskola önálló “költségvetéssel”, elkülönült pénztárral, amelyet az új professzor, Fancsik István kezelt.
1830-ban az alsódabasi hites földmérő, Szalay István egykori diák az almamaterre hagyta 829 kötetből álló, különleges értékekkel bíró könyvtárát.
Közben beköszöntött a reformok kora, s a fenntartók Kelemen Gergelyt hívták meg a gimnázium élére, akinek közel két évtizedes itteni működése egybeesett a gimnázium első fénykorával: a későbbi negyvennyolcas ifjak több helyi és országos hírű személyisége tanult az ő keze alatt: Ács Károly, Petőfi és Jókai majdani barátja, a szabadságharcos “gerillavezér”, Bankós Károly, szintén Petőfi barátja és leghűbb kortese, Virágh Gedeon, a Felvidékről ezer veszélyen át hazatérő “nyolcvan huszár” egyik parancsnoka, később őrnagy, majd hosszú éveken át a császár foglya, itt azok az ifjak, akikről ezt írta Petőfi 1845-ben, fáklyás fölköszöntetése után: “Kiskunsági Szentmiklósnak ifjú népe/ Benyitottál a szívemnek közepébe”.
A bukott forradalom, szabadságharc után újra nehéz idők következtek. Lassan megtértek a bujdosók, s ha hiányokkal is, de benépesült az iskola. A helytartótanács 1854 nyarán több más iskolával együtt gimnáziumunkat is megszüntette.
A végveszélyben Kunszentmiklós közössége nem hagyta cserben fölnevelő iskoláját. A képviselőtestület határozatában kimondta, hogy erre az iskolára szükség lesz a jövőben is, miként szükség volt rá “l00 évek hosszú során”, ezért vállalta a nyilvános algimnáziummá fejlesztés összes költségét. Az elhatározást követő tettek nyomán az új épületszárnnyal bővült iskola 1856 október elsején nyílt meg, mint magán algimnázium. Két év múlva már újra megkapta a nyilvánossági jogot. Az iskola első nyomtatott értesítője 1854-ban jelent meg.
1866-ban került az egyház élére Baksay Sándor, akivel új korszak kezdődött iskolánk életében. Mintegy másfél évtized telt el csöndes, de szívós munkával: előbb az anyagiakat hozta rendbe Baksay, majd a tanári kart erősítette meg. Melczer Károly, Szikszay Gusztáv, majd Apostol Pál kiváló fölkészültségű, a tanítást hivatásuknak valló, évtizedeken át gimnáziumunkhoz kötődő tanárok voltak, méltó társai a tudós-szépíró lelkipásztornak. 1886-ban fölépült a ma is álló Öreggimnázium északi szárnya két új tanteremmel és egy tágas auditóriummal.
Az időközben esperessé, majd 1904-ben püspökké megválasztott Baksay Sándor nem mozdult ki a maga emeltette új parókiából. Itt maradt az iskola tőszomszédságában, továbbra is gondosan megválogatta az ide kívánkozó tanárokat, így pl. a későbbi neves nyelvtudóst, Mészöly Gedeont. A századfordulóra meghaladta a száz főt a tanulók létszáma. A rég elhagyott otthon, Baranya, az Ormányság is sok tanulni vágyó fiát küldte neves szülötte, a tudós lelkipásztor után.
1903-ban vetődött föl először, hogy főgimnáziummá kellene fejleszteni iskolánkat. Tíz év múlva, 1913-ban az előző tanév negyedikesei helyben maradva ötödik osztályba léptek, s belőlük került ki az akkortól Kunszentmiklósi Református Főgimnázium első érettségiző osztálya. Ebben az osztályban már leánytanulók is voltak. 1915-ben elhunyt Baksay Sándor. Szinte mindenét a kunszentmiklósi gimnáziumra hagyta, s vagyonából az 1918/19-es tanévben megnyílhatott az újonnan épített Baksay Sándor Konviktus ötven tanuló számára.
Baksayt Vargha Tamás, a korábban néhány évet itt szolgált Szász Károly unokája követte a lelkipásztori szolgálatban. 1924-ben az Országos Közoktatásügyi Tanács iskolánk megszüntetését javasolta. Ekkor megint összefogott mindenki, akinek kedves volt ez az iskola, és megerősödve állt talpra az akkor már Kunszentmiklósi Református Reálgimnázium. A következő két évtized az iskola második fénykora volt. 1926-ban bensőséges ünnep keretében vette föl iskolánk Baksay Sándor nevét, 1932-ben pedig színpompás avató szertartással vette birtokba a tanulóifjúság és a tanári kar a város központjában magasodó impozáns, kétemeletes új gimnáziumi épületet. Kiváló tanárok tanítottak ekkoriban itt: Antal Dénes, Égető Mihály, Gaudi Árpád, Keith Károly, Kövendi Dénes, Magony József, az idősebb és ifjabb Miklóssy János, Szepesi Pál, Váradi István, Vöröss Sándor, Zsámboki Lajos. Ezek a nevek legendává éledtek a tanítványok, utódok emlékezetében. A szépíró öregdiák, Varga Domokos pedig könyvben örökítette meg alakjukat.
Különösen értékes munkát végzett id. Miklóssy János, az országos hírű atlétákat és úszókat nevelő, sportpályát és sportuszodát építő tornatanár, akinek a tanítványai az összes középiskolát maguk mögé utasítva három ízben nyerték meg az országos atlétikai csapatversenyt.
De szellemiekben is számos kiválóságot nevelt az iskola: Baráth Ferenc irodalomtörténészt, Thury József nyelvészt, Kákicsi Kiss Gézát, az Ormányság néprajzos papját, a régész Fehér Gézát, a levéltáros Ila Bálintot, a szintén néprajzos Tálasi Istvánt, Jóború Magdát és Vargha Balázst, a válogatott atlétákat, Földessy Ödönt és Csányi Györgyöt, operaénekeseket és festőművészeket, egyetemi tanárokat és tudós teológusokat, és még sok-sok nagyszerű embert, akik “csak” itt érettségiztek, de mindig és mindenütt megállták a helyüket az életben az innen kapott útravalóval.
A második világháború megroppantotta a mi iskolánkat is, harmincöt diákunk és egy tanárunk halt hősi halált. 1944-ben előbb a német, majd a szovjet csapatok bevonulása miatt szünetelt hosszú hetekre a tanítás. 1944/45 telén orosz katonai kórházat rendeztek be a gimnáziumban, s a telet a templomban töltötte az iskola.
Lényegében eddig tart a kunszentmiklósi református gimnázium folyamatos története. Alig ocsúdhatott, alig heverhette ki az iskola a háború okozta anyagi és lelki veszteségeket, amikor 1948 június 4-én tantestületi értekezleten jelentette be Juhász Imre megbízott tankerületi főigazgató a felekezeti iskolák államosítását.
Az államosított iskola két évig viselte még Baksay nevét, majd az 1950/51-es tanévtől Damjanich János nevét vette föl. Megszűnt az iskola nyolcosztályos jellege, tanári kara is lassan kicserélődött. A régebbiek közül legjelesebb tanára Csikesz Ferenc volt, aki az 1956-os forradalomban vállalt szerepet. Későbbi jeles tanár a helytörténész-könyvtáros Illyés Bálint, a fiatalabb nemzedék elismert tanáregyénisége az iskola sportsikereit öregbítő testnevelő sikeredző, Mózes Albert.
A helyét, szerepét kereső gimnázium 1962-től 1972-ig növényvédő-gépész szakközépiskolaként is működött. Időközben 1964-re fölépült az iskola legújabb épületszárnya. Az elmúlt négy évtizedben is kiváló diákok – későbbi tudósok, művészek és élsportolók – érettségiztek gimnáziumunkban.
1989-ben újra fölvettük Baksay Sándor nevét, megszerveztük az első öregdiák találkozót, Pro Schola emlékplakettet alapítottunk az iskola hírnevét öregbítő volt diákjainknak, a volt “Baksaysoknak” és “Damjanichosoknak” egyaránt.
Az 1990/91-es tanévtől kezdődően indult újra – az országban harmadikként – a nyolcosztályos tagozat. A kezdeményezés nagyon kedvező visszhangra talált. Azóta az e tagozaton érettségizett osztályok kiváló eredményei bizonyítják a tehetséggondozás létjogosultságát.
1992. április elsejétől a gimnázium és az internátus a Kunszentmiklósi Református Egyházközség tulajdonába került vissza, az intézmények Baksay Sándor Református Gimnázium, Szakközépiskola és Vargha Tamás Diákotthon néven működtek tovább. 2000-ben a gyülekezet az általános iskola újraszervezésekor iskoláit, internátusát egy közös igazgatású közoktatási intézménnyé alakította Kunszentmiklósi Református Kollégium néven. Az internátusban lakó diákok száma a javuló közlekedési feltételek miatt annyira lecsökkent, hogy ezt az intézményrészt először 2001-ben fel kellett függeszteni, majd ebben az évben véglegesen bezárni.
Az alapító okirat 2004. évi módosítása szerint intézményünk neve: Kunszentmiklósi Református Kollégium Fördős Lajos Általános Iskolája, Baksay Sándor Gimnáziuma.
Mai nevét iskolánk 20..-ban vette fel, így hivatalosan azóta használjuk a Baksay Sándor Református Gimnázium és Általános Iskola nevet.
